菌种鉴定

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更新: 2021-06-01
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提供商: 北京亿鸣复兴生物科技有限公司
服务名称: 微生物相关服务-菌种鉴定,微生物多样性
地区: 北京/全国
简介: 细菌16S rDNA 是细菌染色体上编码16S rRNA 的DNA 序列,存在于所有细菌染色体基因中,其序列能够显示细菌间不同分类等级水平上的特异性,适用于细菌亲缘关系的研究,并可作为测量细菌进化和亲缘关系的良好工具,同时可以利用可变区序列的差异对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。
提供商: 北京亿鸣复兴生物科技有限公司
服务名称: 菌种鉴定
规格:

环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

 

菌种鉴定
细菌16S rDNA 是细菌染色体上编码16S rRNA 的DNA 序列,存在于所有细菌染色体基因中,其序列能够显示细菌间不同分类等级水平上的特异性,适用于细菌亲缘关系的研究,并可作为测量细菌进化和亲缘关系的良好工具,同时可以利用可变区序列的差异对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。


真菌18S rDNA是真菌染色体上能够用于进行亲缘关系研究,测量真菌进化和亲缘关系的工具,同样可以利用基因可变区序列的差异对不同菌属、菌种真菌进行分类鉴定。此外,真菌ITS序列具有进化速度快,基因多态性高,也适用于不同亲缘关系真菌进行区分鉴定。

 

微生物多样性分析
1,克隆文库分析:

PCR 方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,使用TA 克隆方法构建克隆文库,挑选阳性克隆测定基因序列,并与GenBank 中已知序列进行同源性比较,获得特定环境中的微生物群落结构和多样性信息。

 

2,T-RFLP末端限制性酶切片段分析:
PCR 方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,采用T-RFLP 限制性内切酶对扩增产物进行限制性酶切,利用DNA分析仪分析末端限制性酶切片段,获得末端限制性酶切片段长度,峰高及面积等信息,PAT数据库分析比对获得特定环境中的微生物群落结构及多样性信息。

 

3,DGGE 变性梯度凝胶电泳分析:
PCR 方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序,确定微生物种属关系,获得特定样品中的微生物多样性信息。

 

4,高通量测序MiSeq分析:
采用第二代高通量测序平台MiSeq,对核糖体RNA高变区域,比如16S rDNA/18S rDNA/ITS等序列,或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序,揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系,获得特定样本中的微生物多样性信息。

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