环状RNA芯片定制检测服务

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更新: 2021-03-28
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提供商: 晶莱生物
服务名称: 环状RNA芯片定制检测服务
规格: 询价
实验技术简介:环状RNA(circRNA)是区别于传统线性RNA的一类新型 RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表 达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感, 所以比线性RNA更为稳定,这使得环状RNA在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的 作用,称之为竞争性內源RNA(ceRNA),能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作 用。

 

实验操作流程:
1、样品RNA抽提
2、RNA质量检测
    使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
    用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA纯度及完整性。
    提供RNA QC报告。
3、RNase R处理
4、cDNA/aRNA样品合成和标记
5、标记效率质量检测
     使用Nanodrop检测荧光标记效率,标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6、芯片杂交
     在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
7、图像采集和数据分析
     使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8、提供实验报告:
     Scanning Image: Cy3荧光扫描图像;
     Scatter Plot: 散点图,X轴为Control信号值,Y轴为Experiment信号值,表示信号数据总体分布趋势;
     Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据;
     Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值;
     P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因,p-value越小,该circRNA在两组样本间差异表达越显著;
     Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value以及circRNA的详细注释信息(相应的线性mRNA和miRNA结合位点)。

 

客户提供:
1、实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织,加1ml的 RNA抽提试剂TRIzol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
2、实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml),裂解后抽提RNA。

交付标准:
1、芯片检测数据
2、完整的实验操作规程、实验报告(含软件分析结果)以及实验材料


收费标准/服务周期/提供结果:
欢迎咨询详谈,我们会根据您的方案及需求制定详细的服务协议。
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