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融合标签，如Flag、GST等标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。常用的标签包括myc、HA、Flag、His、GST等。其中Flag标签系统利用一个短的亲水性八氨基酸肽（DYKDDDDK）融合到目标蛋白。
Flag标签可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于各种细胞类型，包括细菌、酵母和哺乳动物细胞等，相应的Flag标签抗体也被广泛应用。由于Flag标签系统的纯化条件是非变性的，因此可以纯化所有有活性的融合蛋白。Flag标签可以通过加入肠激酶处理去除，肠激酶专一识别该肽序列C末端的5个氨基酸残基。
Flag抗体可以用于检测和Flag标签融合表达蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化、定性或定量检测Flag融合表达蛋白等。融合标签根据其相对分子质量大小可以分为两大类：大的蛋白质分子和小的多肽片段。融合标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。
His标签是由6个组氨酸(His-His-His-His-His-His)组成的短肽,专门设计用于重组蛋白质的吸附纯化。由于分子量较小，并且较容易分离和纯化，His融合标签与其他标签相比有很多明显优势，是目前用于纯化的融合标签中使用最为广泛的一种。利用 His标签可以建立一个基于融合蛋白的高效检测和纯化系统。
His抗体可以用于检测和His标签融合表达蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化、定性或定量检测His融合表达蛋白等。随着越来越多的新基因的发现，基因融合蛋白表达体系以其在新发现蛋白研究中的显著优势已得到广泛应用。其中GST标签体系具有蛋白表达产率高、表达产物纯化方便，以及利于GST抗体制备等特点。GST融合蛋白在水溶液中可溶，可从细菌裂解液中提取，在不变性的条件下通过亲和层析得到。GST融合蛋白可被位点特异性蛋白酶裂解，从而除去GST蛋白。融合蛋白又是一个非常好的强免疫原，因此，很容易制备抗新蛋白的抗体。正是由于以上的优点，商品化的GST融合蛋白表达体系以及GST标签抗体系统至今仍被广泛应用。
近年来在原核表达体系中，谷胱甘肽S转移酶GST表达纯化系统的应用更为普遍。用GST融合表达系统表达外源基因时，对融合表达产物的检测和纯化非常重要，这里面就包括了GST标签抗体的应用。常用的标签包括GFP、HA、Flag、His、GST等。其中绿色萤光蛋白（Green Fluorescent Protein），简称GFP，这种蛋白质最早是由下村脩等人在1962年在一种学名Aequorea victoria的水母中发现。其基因所产生的蛋白质，在蓝色波长范围的光线激发下，会发出绿色萤光。
GFP或其突变体EGFP等被广泛用于基因表达效率的检测，以及和目的蛋白融合表达用于检测目的蛋白的表达和分布。一般来说，GFP抗体不仅可以检测GFP或其适当的突变体，也可以检测和GFP或其适当的突变体融合表达蛋白的表达、细胞内定位，以及纯化、定性或定量检测GFP融合表达蛋白等。
GFP标签可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于各种细胞类型，包括细菌、酵母和哺乳动物细胞等，相应的GFP标签抗体也被广泛应用。随着蛋白质组学的迅猛发展，重组蛋白质的使用在近年来大大增加。重组杂合体含有一个亲和标签如GST、Myc、His等，可用于辅助目标蛋白的纯化，这已经被广泛使用。利用融合蛋白有助于重组蛋白纯化和检测的这个有点被广泛认可。在1985年开发出鼠抗c-myc标签抗体并被作为免疫化学试剂用于细胞生物学和蛋白质工程领域中。Myc标签（序列为：EQKLISEEDL）已成功应用于WB杂交技术、免疫沉淀IP和流式细胞术中。因此可用于检测重组蛋白在细菌、酵母、昆虫细胞和哺乳细胞中的表达情况。
Myc重组蛋白质可通过偶联Myc标签抗体到二乙烯砜活化的琼脂糖上而进行亲和纯化。Myc标签可放在C端或N端，但Myc重组蛋白的低pH洗脱条件往往会降低蛋白质的活力，因此Myc标签系统广泛应用于检测但很少用于纯化。融合标签，如HA、His等标签的使用可以简化蛋白质的纯化过程、控制蛋白质固定的空间取向及方便检测、使体内生物事件可视化、提高重组蛋白质的产量、增强重组蛋白质的可溶性和稳定性等。常用的标签包括myc、HA、Flag、His、GST等。其中HA标签系统利用一个HA (influenza hemagglutinin epitope: YPYDVPDYA)短肽肽融合到目标蛋白。
HA标签可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于多种细胞类型，相应的HA标签抗体也被广泛应用。HA标签抗体能特异识别C末端或N末端带有HA标签(HA-tagged)的融合蛋白。向左转|向右转

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