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【分享】我认为最好的在线引物设计软件... 已解决
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【分享】我认为最好的在线引物设计软件
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2007-02-13 18:36
给大家提供一些设计引物注意事项，这是有经验的教授告诉我的，他们用眼睛就能看出来:
1．引物必须位于起始密码子与终止密码子之间，即CDS之间 Start coding:AUG( atg ) Stop coding: UAA、UAG、UGA( taatagtga ) 2．要使目标序列与内参在同一胶中电泳 则扩增片断长度要差开。且Tm要互相接近 3．引物终止于G或C比较好。 |
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2007-02-09 10:22
谢谢这位战友，可是我的基因出来的是这种结果怎么办？
Primers for PCR There were 1 forward primers in the valid range for GC content. There were 4 reverse primers in the valid range for GC content. There were 1 forward primers in the valid range for melting temperature. There were 0 reverse primers in the valid range for melting temperature. ERROR The Tm range was too stringent, no primers were found in that range |
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2007-02-14 08:59
楼主你好！这个在线软件看起来比Oligo6.72、primer等软件简单，但该软件似乎只考虑了引物的长度范围、引物的退火温度、引物的GC含量范围，而没有关于引物之间能否形成二聚体方面的信息。而Oligo6.72评价引物则采取了多方面的评价，包括二聚体等信息，但缺点是提供了很多对引物，没有提供最好的，选择哪一对都要靠自己把握。
比如我想设计wnt3a mRNA的引物，基因系列见：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=NM_033131.2 。我把该基因序列copy进去后，提示The GC range was too stringent, no primers were found in that range。按照楼主提供的方法降低minimum GC值但仍然出现该提示语，所以我将maximum GC改成90，此时出现The Tm range was too stringent, no primers were found in that range，故将Maximum Tm改成70，此时出现The end anneal range was too stringent, no primers were found in that range，一直找不到－－－ |
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2007-02-13 20:38
首先输入你想要p的片断，含有数字也无所谓，选择pcr选项。
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2007-02-19 06:39
点击“submit”进入下面的页面。
其中在Select YES to Amplify a region with EXACT endpoints of the DNA sequence enteredNOYES这一项中，一定要选择yes，其他的各项目，大家可以点击查看说明，也都是非常的好理解。暂时，我们先不要改软件自设的默认值，直接submit |
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2007-02-20 16:29
然后我们就得到了结果，它会把所有可能的引物都会列出来，而且会把最好的一对帮你挑选出来，of course，我们要选择最好的。
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2007-02-17 00:34
然后点击“This is the BEST pair of primers”就得到了设计好的引物。而且也会显示出“The sequence of DNA that will be amplified by these primers is ”如果你不放心，你可以将该序列和你的原始序列比较一下，不会有问题的了。
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2007-02-17 11:18
当然这是最顺利的情况，但是有时并不是这么简单，例如我前两天帮一个战友设计引物，他想要的序列：
atcgat cagattatca aataatatac caaaattgat acatatgata catatgaatg 721 atatatgttt tggatatatt atttgttaaa attaattcat caggtgatga tgtgatgata 781 atcattgaaa aatgacaaaa atcccctgat taagtataat aaaaatagta agtaaaaaag 841 gcaaattttt acttacaaaa tattacatat tggaataaat aatttaatct ttcatatata 901 taactgtgat acatcataaa tatatatata gcaaaagaaa gatataaatt attatcattt 961 tttttgatca ttattgctat aattattatc ctgcttgttt aactataata atagcaatga 1021 atgaatcaaa atttaaatga tacgttaaaa tccaaccaat atgttataaa ttttctttca 1081 ttt |
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2007-02-12 23:36
我们直接提交得出的结果：
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2007-02-19 16:10
这样的话，按照默认的设的值并不能得到合适的引物，很明显如果让我们自己人工设，可能就不会考虑这么的详细：首先第一个问题，GC含量太低。
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