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【求助】甲基化修饰后的DNA浓度？... 已解决
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【求助】甲基化修饰后的DNA浓度？
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2006-02-25 21:18
我的体会是不做浓度测定，毕竟修饰后的dna量少,太宝贵了，但是取3ul左右做一下电泳看有没有dna存在就行了，只要有dna,一般就能扩出结果，但是由于不可避免地降解，电泳结果多为smeal带，不影响后面试验。祝好运。
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2006-03-06 05:54
我的体会是不做浓度测定，毕竟修饰后的dna量少,太宝贵了，但是取3ul左右做一下电泳看有没有dna存在就行了，只要有dna,一般就能扩出结果，但是由于不可避免地降解，电泳结果多为smeal带。 我认为在很多做甲基化检测的文献中，一个最常见的缺陷就是不测模板的浓度。当然这确实与MSP得到的模板较少，而且浓度较低有关，如用一般仪器测定会浪费很多样品，但这不能成为可以省去这一步骤的理由，而且现在已经有只用1-2ul就可能测浓度的紫外-可见分光光度计了。 楼主得到的25ng/ul的浓度是个很正常的值，在我们实验室所做的100多例样品中，很多也都在这个值附近。但是也常有过高或极低的浓度值出现，二者可相差几十倍。这是因为肿瘤样品由于保存时间不同、组织坏死程度各异，所以其基因组的含量和完整程度也不尽相同，在这种情况下如果还用相同体积的模板做PCR，可想而知会有什么样的结果。而且目前MSP作为一种可能成为肿瘤早期诊断的方法，就可要避免这些可能造成假阴性或假阳性结果的因素了。 |
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2006-03-08 04:25
请问bioyang老师：
我从血清中提取DNA浓度只有3-7ug/ml,再经过试剂盒修饰，余下的再作 MSP可以吗？我的阳性对照跑出过条带，其他始终未见，是DNA模板量不够吗？ |
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2006-02-25 21:00
qichong 不必客气。
我不知道你的DNA浓度是如何测得，但如果我测得的浓度也有这么低，我会怀疑这个值的准确性的。下面这张图是用我们仪器测DNA浓度的图谱，仪器显示值分别是4.0ug/ml和5.1ug/ml，和你的差不多。但如果仔细分析一下这两个图你就能发现，这两个所谓的浓度值是没法用的，因为它们根本不准确，原因就不必多说了。所以对于这样的样品，我一般只好放弃了。 |
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2006-03-02 01:19
TO:qichong
你好!我目前还在摸索从血清中提取游离dna 的方法,看到你的留言,兴奋不已,能把你的提取血清DNA的方法和我共享一下吗?谢谢! 我的邮箱: yunmingkong@yahoo.com.cn |
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2006-03-02 01:30
我做了修饰并纯化后,跑电泳没有结果,我就没有信心做PCR了,但我没有测定浓度,是否需要测一下浓度?修饰后的DNA-20度能保存多长时间??
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2006-02-25 23:14
不好意思，最近忙试验，才看到各位给我的留言，我用的是QIAamp Blood
miniKit,修饰后的DNA 在-20度下最长可保存8周 |
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2006-02-26 12:50
qichong 修饰后我补测了一下浓度，最高才10ng/ul。我还能继续做PCR吗？ 另外一个问题请教：MSP的1xPCR buffer，是先配成几x的储存液呢，用时稀释到1x？还是直接把1x的buffer加进去，加到需要的体积？ 我简直太菜了，请您指教！ |
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2006-03-08 00:43
to mxy01:
以我的经验,10ng/ul能pcr出来 by the way, why not have a try before asking? |
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2006-03-01 04:19
谢谢各位了，经过摸索，回收率有所提高，大概到了90%左右了，
这样的话，msp就应该可以了！ |
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