如何blast检索自己的cDNA文库..._文库_其他分子产品_分子类_知道

游客	收藏 \| 举报 2009-07-14 08:47 关注：310 回答：13 如何blast检索自己的cDNA文库... 已解决悬赏分：0 - 解决时间 2024-11-22 04:24 如何blast检索自己的cDNA文库

游客	举报 2009-07-22 07:39 下载NCBI blast package 好像直接解压就可以用了 formatdb -i cDNAlib.fasta blastall -i knownseq.fasta -d cDNAlib.fasta -p blastn -o out.blast

游客	举报 2009-07-25 22:22 belindaqin 下载NCBI blast package 好像直接解压就可以用了 formatdb -i cDNAlib.fasta blastall -i knownseq.fasta -d cDNAlib.fasta -p blastn -o out.blast 我在 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ 上面看了一下，不知道该下哪个程序，而且有个说明书就好了！有人知道吗？多谢！！！

游客	举报 2009-07-23 23:02 blast-2.2.20-ia32-win32.exe

游客	举报 2009-07-24 00:39 这要看你的系统是什么的吧

游客	举报 2009-07-24 04:30 你的系统是ia32才会用ia32的用uname -a 可以看得到

游客	举报 2009-07-22 15:47 同意二楼

游客

举报 2009-07-25 16:57

belindaqin
下载NCBI blast package
好像直接解压就可以用了
formatdb -i cDNAlib.fasta
blastall -i knownseq.fasta -d cDNAlib.fasta -p blastn -o out.blast

谢谢各位的建议，我按照上面的做了，生成了一个out.blast的文件，但里面没有比对结果，只是：

BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs,Nucleic Acids Res. 25:3389-3402."

Query= zs.CleanEST.seq.Contig47

比对结果在哪能看到呢？

另外，我还下载了两个程序：ncbiz.exe和ncbi.tar.gz，不知这两个程序是干什么的？

游客	举报 2009-07-17 19:07 你确定已经跑完了吗？如果是的话，就算什么都没有找到，应该至少还有几行的 Database: ST51575_N1_E1.faa 4254 sequences; 1,367,397 total letters Searching..................................................done

游客	举报 2009-07-19 13:36 belindaqin 你确定已经跑完了吗？如果是的话，就算什么都没有找到，应该至少还有几行的 Database: ST51575_N1_E1.faa 4254 sequences; 1,367,397 total letters Searching..................................................done 是呀，跑完了，什么结果都没看到（我把结果放在附件里） out.blast(0.35k)

游客	举报 2009-07-15 11:49 是不是重复了还是一样？

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