「基因组与转录组高通量测序应用最新技术与数据分析」
培训内容
生物信息学介绍
生物信息学介绍与前沿技术动态
序列的比对
1、全局比对 Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比对 Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析
基因组/基因注释分析
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装
基因组 de novo 组装方法
重复序列分析技术
3、 RNA 分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA 干扰，SiRNA 预测技术
4、基因预测
原核：Glimmer，真核：Genescan,
Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍
基因组学研究概述
1、structural genomics: 结构基因组学
2、functional genomics: 功能基因组学
3、Drug discovery: 药物研发
4、Personalized medicine：个性化、精细医疗
DNA 测序技术-转录组分析的进化
1、第一代测序技术：Sanger 测序原理
2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent 原理
3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos 原理
4、第四代测序技术: Oxford NanoPore 原理
5、其他技术 Hybridization based methods (NabSys)
Experimental procedure for
transcriptomic analysis
Introduction
umber of duplications
equencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
Data analysis （part 1）：data pre-processing
evaluation of data quality 数据分析
Data format，fasta，fastq，quality
value，gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
Data analysis（part 2）：reference free analyses（无参转录组分析）
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene（DEGs）
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene
expression profiles.
使用 R 语言进行生物信息学相关的分析
使用 R 语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。
生物信息学专业图 KEGG、GO 等的绘制方法与运用 R 语言进行实现
基因组可视化软件 circos 的使用
使用 circos 绘制基因组圈图
生物信息学专业常用工具及绘图方法
应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；
学 BioEdit、WeGO 等常用生物学专业软件的图表及格式转换
报名办法及费用：
每人￥4300 元（含报名费、资料费、培训费、考试费），住宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加，报名回执表请传真至会务处。
地点：湖北 武汉
联 系 人 : 李永军
联系电话： 18513478760
邮箱：3263004853@qq.com
联系方式
联系人：李永军
地址：武汉市
手机：
电话：
传真：暂无
Email：
